“Шквал” має поле зору 10 градусів і забезпечує 23-кратне збільшення зображення цілі. Огляд простору ведеться в режимі сканування візирної головки. Льотчик, побачивши на екрані індикатора зображення цілі , може зупинити сканування, натиснувши кнопку прив'язки до цілі на ручці керування літаком. Після розпізнавання цілі льотчик здійснює точне цілевказування, наклавши прицільну марку на зображення цілі і знов натиснувши кнопку прив'язки. Літак може атакувати цілі не тільки вдень, але і вночі, при низькому рівні освітленості, за допомогою низькорівневої телевізійної прицільної системи, що розміщується в контейнері під фюзеляжем. У навігаційний комплекс літака, крім системи повітряних сигналів, здвоєної інерціальної курсовертикалі, радіотехнічної системи ближньої навігації і посадки (РСБН), доплерівського вимірника  швидкості і кута зносу (ДІСС) і радіовисотоміра, включена також апаратура радіотехнічної системи дальньої навігації (РСДН). Зберігши відмінні пілотажні властивості Су-25, конструктори “вісімки” (заводський шифр літака - Т8) пішли ще далі. Його система автоматичного управління серйозно знижує завантаження льотчика, автоматизуючи стабілізацію заданої висоти, політ по запрограмованому маршруту через задані проміжні пункти, вихід в район виявлення цілі, повторний захід на ціль, що атакується, захід на посадку. Комплекс РЕБ забезпечує Су-39 високу вірогідність подолання могутньої ППО супротивника. Основною інформаційною системою комплексу є станція радіотехнічної розвідки (СРТР), що забезпечує виявлення і пеленгацію наземних, бортових і корабельних РЛС в секторі +30 градусів по куту місця і кругову по азимуту. Для подолання смуги ППО Су-25Т може використовувати станцію постановки активних перешкод, призначену для протидії сучасним і перспективним радіоелектронним системам управління зброєю з імпульсним, безперервним і квазібезперервним випромінюванням. Станція встановлюється в контейнерах, що підвішуються на зовнішніх підкрилових точках підвіски. Для захисту від ракет з ІК ГСН конструктори Су-39 встановили в хвостовій частині літака, в підставі кіля, станцію оптико-електронних перешкод.

Головне озброєння Су-39 - протитанкові керовані ракети (ПТУР) "Вихор". Літак може нести 16 таких ракет, що встановлюються в двох блоках-зв'язках, по вісім в кожній. Використання РЛС дозволило забезпечити на літаку застосування протикорабельних ракет Х-31А, Х-35 з активними головками радіолокацій самонаведення. Кожен модернізований ударний літак може нести чотири протикорабельні ракети.